以前、Xubuntu14.04のメインメニュー、システムの欄にNepomuk File Indexing Controllerというのが消えずに残っていて、AlacarteやMenuLibreでは項目が見当たらないので非表示にも出来ず、困ったことがあった。
この時は~/.local/share/desktop-directoriesディレクトリを削除したら消えてくれた。
ディレクトリ内の唯一のファイルalacarte-made.directoryの中身はnepomukcontrollerについての記載だった。

その後またNepomuk Cleanerという項目が表れた。
~/.local/share/desktop-directoriesを見てみるとファイルが7つあったが、今回はNepomuk〜に関するものは見当たらない。
試しにディレクトリをリネームし再起動してみたが、Nepomukが消えない。

結局、/usr/share/applications/kde4内のNepomuk CleanerとNepomuk Backupを削除することで、メニューからNepomukを消すことが出来た。

このディレクトリ内のNepomuk Cleaner、Nepomuk Backupの実体は、nepomukcleaner.desktop、nepomukbackup.desktopというデスクトップ設定ファイル(メニューやランチャーに項目を表示するためのもの)で、アプリケーション本体では無いようだ。
アプリケーション自体はインストールされていないようなので、削除しても問題無いと思うが、残しておきたい場合は、ファイルをエディタで開き一番下にNoDisplay=trueを追記すると良いようだ。
Xfce (日本語) - ArchWiki

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(追記)
NoDisplay=trueでは効果無く、ShowOnlyIn=KDEを追記したらメニューから消えた。

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2015年1月24日