Xubuntuのアプリケーションメニューから「Nepomuk File Indexing Controller」を消す

いつからかXubuntuのアプリケーションメニューのシステムのところに「Nepomuk File Indexing Controller」という項目があって、既にアンインストールしたアプリらしく、クリックしても「コマンド “nepomukcontroller” の実行に失敗しました。nepomukcontroller を子プロセスとして起動できませんでした: そのようなファイルやディレクトリはありません」といってエラーになる。
必要ないしメニューリストから消したいのだが、設定マネージャーの「メイン・メニュー」にも「メニューエディター」（MenuLibre）にも「Nepomuk File Indexing Controller」という項目自体が無く、削除はおろか非表示にも出来ない。
設定の「メイン・メニュー」で「System Restore Configuration」もしてみたが、自作したランチャーや他のカスタマイズが消失してしまっただけで、Nepomukはしぶとく残っていた。

もう一度インストールし、非表示にしてからアンインストールすれば良いかと考えたが、「Nepomuk クリーナー」「Nepomuk バックアップ」というのはあったが、「Nepomuk File Indexing Controller」「nepomukcontroller」といったものは見当たらない。

メニューの設定リストを直接編集出来ないか調べたら、Ubuntuでのユーザー固有のメニューファイルは~/.config/menus（/home/ユーザー名/.config/menus）、全ユーザー共通のメニューファイルは/etc/xdg/menus（Xubuntuの場合は/etc/xdg/xdg-xubuntu/menus）に配置されているらしい。

Ubuntu デスクトップメニュー その1 – デスクトップメニューとメニューファイルについて – Ubuntu kledgeb

ユーザー固有のメニューファイルフォルダ内のxfce-applications.menu.undo-13、xfce-applications.menu.undo-14などのファイルに

<Filename>kde4-nepomukcontroller.desktop</Filename> 

という項目があったので消してみたがバックアップファイルのようで変化はない。
同じフォルダ内のxfce-applications.menuというのを開いてみたら、こちらにはNepomukは見当たらなかったが、

<AppDir>/home/ユーザー名/.local/share/applications</AppDir> 

という記述を見つけた。

/home/ユーザー名/.local/share/applications（~/.local/share/applications）を開いてみると、kde4-nepomukbackup.desktop、kde4-nepomukcleaner.desktop、kde4-nepomukcontroller.desktopというファイルがあったので削除、再起動してみたが駄目。

煮えつまったが、~/.local/share/applicationsと同じ階層に~/.local/share/desktop-directoriesというフォルダがあり、開いてみるとalacarte-made.directoryというファイルが一つだけ入っていて、中身は

[Desktop Entry] Comment=nepomukcontroller Type=Directory Name=Nepomuk File Indexing Controller Icon=folder 

と記載されていた。

これをフォルダごと削除、再起動したら、無事アプリケーションメニューから「Nepomuk File Indexing Controller」が消えてくれた。

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（追記）
再起動したら~/.local/shareにdesktop-directoriesという空のフォルダがまた自動生成されていた。
削除はフォルダごとではなく、alacarte-made.directoryファイルだけで良かったらしい。

（余談）
~/.local/share/applicationsにはalacarte-made-1.desktop、alacarte-made-2.desktopというような連番のファイルがいくつもあった。
メニュー設定エディタで項目を自作したりすると追加されていくらしい。

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（再追記）
根本的には、/usr/share/applications/kde4内のNepomuk〜というデスクトップ設定ファイルを削除するのが良いようだ。
XubuntuのメニューからNepomuk Cleanerを消す | Pagent