サブドメイン対サブディレクトリ

独自ドメインの元で複数のサイト（ブログ）を運営する際、サブドメイン形式にした方が良いのか、それともサブディレクトリ形式の方が良いのか。
考え方次第で、どちらが正解でどちらが間違いというものでもないようだが、検索した限りではサブディレクトリでの運用の方がドメインからの恩恵を受けやすいらしい。
ただこの場合、ペナルティを受けた時にドメインごと巻き込まれるという危険もある様子。

自分の場合は初めてドメインを取った際、ものめずらしさから幾つかサブドメインを作ったりもしたが、結局一つのサブドメイン内でディレクトリを分けて複数のブログを運用している。
運用していると言っても放置状態だったりしますが。